Il 1 ottobre 1089 papa Urbano II veniva a Bari per deporre le ossa nel loculo monolitico. Ma dopo quasi nove secoli la cripta, spesso invasa da acqua, era divenuta inaccessibile. Così nel maggio 1953 fu chiusa e per prima cosa, col permesso di papa Pio XII, fu riaperto il loculo, prelevate le ossa ed attentamente esaminate.Fu possibile fare una attenta ricognizione anatomica per opera del prof.Luigi Martino dell'Università di Bari.

 Le ossa furono trovate immerse in un liquido limpido, che occupava il fondo del loculo: la famosa 'manna' dei baresi o 'myron' dei greci.I lavori della cripta continuarono fino al 1957, quando fu riaperta il 7 maggio e le ossa furono riposte nel loro splendido 'reliquiario', appunto la cripta restaurata sotto la direzione del sovrintendente ai monumenti arch.Schettini. Ma un interrogativo rimase irrisolto: le ossa di S.Nicola erano tutte a Bari, visto che nella ricognizione ve ne erano mancanti? Dove potevano essere? Nel 1992, a Venezia, grazie al medesimo prof.Martino, fu effetuata una ricognizione nella chiesa di S.Nicolò al Lido: a suo giudizio là vi sono le parti mancanti.Infatti, le fonti storiche baresi e veneziane attestano due spedizioni succedutesi nell'arco di dieci anni. In sostanza i veneziani presero quello che, per la fretta, i baresi avevano lasciato dieci anni prima nel sepolcro di Myra.Ma il giallo non è finito: i veneziani presero anche le reliquie di un altro san Nicola vissuto due secoli dopo il nostro, zio di un san Nicola di Pinara, località nei pressi di Myra. C'era abbastanza materiale per confondere gli storici. Ma ora tutto sembra meno oscuro, sì che il culto al Santo di Myra e i pellegrinaggi alla sua tomba di Bari sembra ripreso in tutta la sua imponenza dall'Oriente e dall'Occidente.

Planimetria attuale della cripta

Cripta durante il restauro